سال 2034 است.  قراز حوادث وادنخا و مأموريت آرتيوم و همراهانش که به نابودي موجودات تاريکي و زيستگاه شان منجر شد، يک سال سپري شده است.

در آن سوي ديگر مترو، ساکنين ايستگاه سِواستوپولسکايا روزانه در حال دست و پنچه نرم کردن با تهديدات و مشکلات جورواجور هستند. سرنوشت ايستگاه شان به محموله ي مهماتي است که رو به اتمام است. مفقود شدن کاروان هاي عازم به ايستگاه شان و قطع شدن  خطوط ارتباطي با ايستگاه هاي ديگر هر چه بيشتر از قبل آنها را به آستانه ي نابودي نزديک کرده است.

براي حل اين مشکلات، گروهي کوچک به مأموريت اعزام مي شوند: احمد جوان، هومر پير که رؤياي اديب شدن و جاودانه کردن بخشي از تاريخ را که خود در آن زندگي مي کند در سر دارد، و در آخر شکارچي که زماني در ميان موجودات تاريکي گم شده بود، ولي اکنون با هويتي جديد و غير منتظره به جمع انسان هاي مترو بازگشته است. در طول سفرشان، ساشا، دختر مردي تبعيد شده که قبلاً فرماندهي يک ايستگاه را بر عهده داشته، به آنها ملحق مي شود.

با کشف آثار يک بيماري مرگبار که در صورت گسترش يافتن، امنيت کل ساکنين مترورا به خطر خواهد انداخت، مأموريت اين گروه کوچک وارد فاز جديد و حياتي مي شود و در صورتي که در انجام آن با شکست مواجه شوند،قربانيان ناکامي شان ديگر به ساکنين سواستوپولسکايا محدود نخواهد شد........